新闻媒体-太阳成tyc7111cc

发稿时间：2020-09-14来源：天昊生物

最近小编发现一个宝藏网站，如果您明年基金切入点是转录因子（tf），一定不要错过它：人/小鼠转录因子调控关系的数据库trrust（http://www.grnpedia.org/trrust/)

 ■ 可查询转录因子的下游靶基因
 ■ 可查询转录因子的转录因子
 ■ 可查询转录因子相关的疾病/通路
 ■ 可查询一个基因列表的关键调控转录因子
 ■ 原始数据均可下载，用于生信挖掘

a 查询一个目标转录因子（以brca1为例）

结果：

1 、转录因子的靶基因（可看到调控类型是抑制还是激活）

2、靶基因的功能网络图

3、调控brca1的转录因子

4、调控brca1的tf的蛋白互作图

5、其它和brca1同靶点的tf

6、brca1相关的疾病/kegg通路/go通路

b 查询一个基因列表的关键调控tf(以esr1敲除后的差异表达基因列表为例)

结果：提示esr1为最可能的关键调控tf

c 数据下载

tf-靶基因调控数据库被广泛用于其它生信数据库开发，例如2018年发表的rna-seq数据挖掘工具（ge sx, son ew, yao r. idep: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of rna-seq data. bmc bioinformatics. 2018 dec 19;19(1):534. doi: 10.1186/s12859-018-2486-6. pmid: 30567491; pmcid: pmc6299935.），就调用了trrust数据库的原始数据。

往期相关链接：

；
；
；
；
；
；
；
；
；
；
；
；
；

；

天昊生物

帮您更好的完成实验，

帮您认识更好的数据库！

欢迎联系太阳成tyc7111cc！

电话：18964693703（微信同号）

公司网址：www.geneskybiotech.com

邮箱：techsupport@geneskies.com