近日,东南大学附属中大医院重症医学科邱海波主任团队基于wes测序平台数据的全外显子组关联研究成果发现,急性呼吸窘迫综合征临床结局与亚型均与基因组遗传变异相关。该文章近期发表于期刊《ann transl med》上。天昊生物有幸承担了全外显子测序与相关数据分析工作。
英文题目:nucleotide polymorphism in ards outcome: a whole exomesequencing association study
中文题目:核苷酸多态性与ards结局的相关性:一项全外显子组测序关联研究
if: 3.297
发表单位:东南大学附属中大医院重症医学科
●急性呼吸窘迫综合征(ards)的特点是肺血管通透性增加,肺组织通气性降低。入院后患者死亡率高达35-46%,目前提高ards生存率的治疗策略仍然有限。●单核苷酸多态性和基因组突变情况与中国人ards临床结局的关系尚不清楚。
这是一项单中心、前瞻性的观察性试验,招募了105例成年ards患者。在采集基线数据后,抽取血液样本进行全外显子组测序,探究单核苷酸多态性(snp)/插入-删除与icu结局、临床亚型之间的关系。肺损伤负担(lib),被定义为每兆字节dna的非同义snp数量的比率,被用来评估其在预测ards方面的价值。
●人群基本信息:共有105名ards患者参加了研究,包括70名存活者和35名非存活者。
●通过全外显子组测序,snp/indel的数量为 471,131个。其中,120,830个snp/indel在外显子区。非同义snv的数量为 65,542个。go分析显示,52个功能与ards的发展相关联 (p<0.01),而kegg富集分析显示,这些snp/indel富集在10条通路中,如cgmp-pkg信号通路、血小板激活通路(p<0.05)。
●不同结局ards患者之间的snp/indel数据:存活者的lib明显高于非幸存者 [1,892(1,848-1,942)/mb vs 1,864(1,829-1,910)/mb,p=0.018]。go分析显示有60个go功能与ards的结局相关,kegg富集分析显示相关snp/indels在13个途径中富集。几个新的snps被发现可能与ards结局相关(图1)。lib被用来确定其结局预测能力,其roc曲线下的面积仅为0.6103,与apacheii评分结合时增加到0.712。
图1 全基因组关联研究显示,几个snps可能与ards结局相关。
遗传变异与ards的临床结局和亚型有关;然而,它们的预后价值仍需要更大规模的试验来验证。
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