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发稿时间：2020-07-08来源：天昊生物

研究思路也给你安排上！

01

snp相关生信文章

exploration and detection of potential regulatory variants in refractive error gwas.影响因子：3.998pmid：27604318期刊年卷：sci rep 2016 09 08;6doi：10.1038/srep33090 

总结：知道了这三个数据库，snap (http://www.broad.mit.edu/mpg/snap)13, regulomedb (http://regulomedb.org)6 and haploreg (http://compbio.mit.edu/haploreg)，我和作者之间还有什么差距？？（相关链接：）

in silico genome-wide identification of m6a-associated snps as potential functional variants for periodontitis.影响因子：4.522pmid：31245852期刊年卷：j. cell. physiol. 2020 feb;235(2)

总结：只要是能下载一个疾病gwas的统计总结数据，就能立马乘风破浪来篇这样的文章！m6avar数据库：（相关链接：）

02

m6a相关生信文章

gene signatures and prognostic values of m6a regulators in clear cell renal cell carcinoma - a retrospective study using tcga database.影响因子：4.831pmid：30877265期刊年卷：aging (albany ny) 2019 03 15;11(6)
1 、数据来源与分析目标

2、  528名患者，发生点突变的少，发生cnv的多。m6a “reader” 基因ythdc2 发生cnv的样本最多 (55.11%, 291/528) ，其次是m6a  “reader” 和 “writer” 基因mettl3 (30.11%, 159/528)。

图：528名患者突变谱图（突变样本少）和各基因cnv样本的占比

3 、cnv与基因表达相关，拷贝数增加表现mrna表达增加，拷贝数缺失表现为mrna表达降低

4、 生存分析，提示部分调控基因cnv拷贝数缺失（ythdc1、mettl14和mettl3）的患者有较差的预后。erasers功能基因的拷贝数增加、writers功能基因的拷贝数缺失与患者的不良预后相关。

5 、结合以上结果，提示mettl3基因的重要性。研究者对患者分组，选出mettl3高表达和mettl3低表达样本，进行基因组mrna的差异分析。对获得的差异基因进行功能gsea富集分析。结果提示mettl3的（缺失）低表达与多种重要的肿瘤生物学信号通路有关，主要为脂质合成途径、mtor信号通路、异物代谢途径和活性氧途径。

总结：没有挖过m6a调控基因cnv的肿瘤样本，都值得一挖！

03

cerna相关生信文章

comprehensive bioinformatics analysis of mrna expression profiles and identification of a mirna-mrna network associated with lupus nephritis.影响因子：2.251pmid：32437257期刊年卷：lupus 2020 jul;29(8)

总结：geo数据库是个大宝藏!（相关链接：geo挖掘操作学起来：