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发稿时间：2020-08-14来源：天昊生物

前言   2019年底我们曾总结过circrna m6a修饰相关资料和研究思路（链接：），其中2019年国自然项目中涉及到环状rna m6a修饰的基金共有11项，预计2020年相关的基金仍会大涨。 2020年以来circrna m6a修饰相关的文献也有了大幅的增长，共计约20篇。 包括3月份cell research报道称：在雄性生殖细胞中发现了m6a修饰参与到一些具有编码功能的circrna的生成过程中，并且揭示了这些circrna稳定和持久的蛋白产生的潜在机制（doi: 10.1038/s41422-020-0279-8）。 而molecular cancer多篇综述文章总结了circrna（或noncoding rna）与m6a修饰之间的联系（doi: 10.1186/s12943-020-01224-3；doi: 10.1186/s12943-020-01207-4；doi: 10.1186/s12943-020-01233-2）。

近日，天昊合作客户浙江省人民医院消化内科潘文胜主任课题组在epigenomics杂志上发文报道了低分化胃腺癌中差异表达的circrna，并且初步分析了这些circrna的m6a修饰水平。

作者首先利用circrna芯片在低分化胃腺癌（pdga）癌组织中发现了65个差异表达的circrnas，并对这些circrna的分布和长度特征进行了分析（图1）。本研究中在发现和验证阶段使用的临床样本数及临床信息如表1所示。

进而利用qpcr在胃癌组织中（包括不同分化程度样本）对部分差异的circrna进行验证，发现circrna差异表达趋势与芯片结果一致（图2）；而且在4种胃癌细胞系中进一步验证了这些circrna的表达水平，pcr产物验证证实了circrna具有反向剪接位点（图3）。

为了评估所选circrna对胃癌的诊断潜力，作者对每个circrna进行了roc曲线分析，发现has_circ_0077837更可能作为胃癌和低分化胃腺癌诊断标志物（图4）。

为了研究所选circrna的潜在功能，研究人员对其靶基因进行了go分析，主要富集的go条目如图5。kegg通路富集分析如图6所示。

考虑到m6a修饰作为转录后修饰方式精细调控着基因表达，首先利用sramp网站（http://www.cuilab.cn/sramp）对这些差异表达的circrna潜在的m6a修饰位点进行预测，多个circrna具有高可信度的m6a修饰位点。利用merip-qpcr对这些circrna的m6a修饰进行验证，发现多数circrna的m6a修饰水平在肿瘤组织中具有显著差异（图7a），而且m6a修饰水平和circrna表达水平具有显著相关性（图7b、c）。这些结果显示m6a修饰可能影响这些circrna的表达差异。

总结来看

这项研究初步发现了在胃癌和低分化胃腺癌中部分差异表达的circrna同时存在转录后m6a修饰的差异。然而为什么存在m6a修饰的差异？这些差异修饰的circrna会在低分化胃腺癌或胃癌中发挥什么样的功能？转录后的修饰如何影响这些circrna的表达水平？这些问题可能是课题组后续研究探索的方向，期待潘文胜主任课题组更多的发现。

天昊生物具有多年基因组、转录组和表观组等多组学检测与分析的经验，m6a rna甲基化作为表观领域的一大热点，天昊生物自主设计了m6a调控因子（writers/erasers/readers）差异表达分析检测panel，还可以提供m6a修饰整体水平定量检测，并结合merip-seq和rna-seq挖掘受m6a调控因子影响的下游靶点，同时可对相关的靶点进行merip-qpcr验证。生信团队亦可提供个性化的m6a数据库挖掘与生信分析内容。

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