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发稿时间：2020-08-21来源：天昊生物

上回我们使用ggpaired包绘制成对样品（2组）的箱体图，但ggpaired只能绘制2个箱体图，有老师希望能绘制连续时间上物种的变化。这里，我们展示4组之间的箱体图绘制结果。

in[1]:

library(ggplot2)

read.table读取文件，head查看文件头部

in[2]:

data = read.table('alpha.diversity.index.xls',header = t,sep = 't',row.names = 1)
head(data)

out[2]:

查看文件列名

in[3]:

rownames(data)

out[3]:

'a1' 'a2' 'a3' 'a4' 'a5' 'a6' 'b1' 'b2' 'b3' 'b4' 'b5' 'b6' 'c1' 'c2' 'c3' 'c4' 'c5' 'c6' 'd1' 'd2' 'd3' 'd4' 'd5' 'd6'

in [4]:

apply(data,2,sum)

out[4]:

in [5]:

apply(data,2,function(x){ df = data.frame(x,group=rep(c('a','b','c','d'),each = 6),sub_group=as.factor(rep(1:6,times  = 4)))
                        ggplot(data = df,aes(x=group,y=x,fill=group))   geom_boxplot()  
                        geom_point(aes(colour=sub_group),size=4)      
                        geom_line(aes(group=sub_group,colour=sub_group) ,size=0.8,) 
                        })

out[5]: