新闻媒体-太阳成tyc7111cc

发稿时间：2020-09-08来源：天昊生物

ggpar包是一个用于图形参数调整的包，但对于该包的使用介绍目前并不多见，这里，我们提供了太阳成集团tyc7111cc官网的示例，并加以解释

（https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr/versions/0.1.4/topics/ggpar ）。

加载r包和数据

in[1]:

.libpaths("c:/program files/r/r-3.6.1/library")
library(ggpubr)

in [2]:

# load data
data("toothgrowth")
df <- toothgrowth
head(df)

out[2]:

len  supp  dose
4.2  vc  0.5
11.5  vc  0.5
7.3  vc  0.5
5.8  vc  0.5
6.4  vc  0.5
10.0  vc  0.5

1. 常见的箱体图

in[3]:

p <- ggboxplot(df, x = "dose", y = "len")
p

out[3]:

2. 更改绘图方向

可选参数："vertical", "horizontal", "reverse" (“垂直”，“水平”，“反向”)

in[4]:

ggpar(p, orientation = "vertical")

out[4]:

in[5]:

ggpar(p, orientation = "reverse")

out[5]:

in[6]:

ggpar(p, orientation = "horizontal")

out[6]:

rotate 如果为true，则通过将绘图方向设置为水平来旋转图形。

in[7]:

ggpar(p,rotate = t)

out[7]:

1. 更改标题名和轴标签名

in[8]:

ggpar(p,
   main = "plot of length n by dose",
   xlab = "dose (mg)", ylab = "length")

out[8]:

2. 更改标题和轴标签样式

标题字体样式: 'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'(“普通”，“斜体”，“粗体”，“斜粗体”)

in[9]:

ggpar(p,
   main = "length by dose",
   submain = "plot by length",
   font.main = c(24,"bold.italic", "red"),
   font.submain = c(14,"bold.italic", "green"),
   font.x = c(14, "bold", "#2e9fdf"),
   font.y = c(14, "bold", "#e7b800"))

out[9]:

3. 隐藏轴标签

in[10]:

ggpar(p, xlab = false, ylab = false)

out[10]:

1. 带颜色的箱体图

in[11]:

p2 <- ggboxplot(df, "dose", "len", color = "dose")
p2

out[11]:

2. 使用自定义调色板

in[12]:

ggpar(p2, palette = c("#00afbb", "#e7b800", "#fc4e07"))

out[12]:

3. 使用dark2 、grey 、 npg等调色板

in[13]:

ggpar(p2, palette = "dark2" )

out[13]:

in[14]:

ggpar(p2, palette = "grey")

out[14]:

in[15]:

ggpar(p2, palette = "npg") # nature

out[15]:

1. 轴刻度标签和旋转

font.tickslab, font.xtickslab, font.ytickslab：刻度标签的字体样式（大小，字体，颜色）

x.text.angle, y.text.angle：x、y轴的字体方向

in[16]:

ggpar(p,
 font.tickslab = c(14,"bold", "#993333"),
 x.text.angle = 45, y.text.angle = 45)

out[16]:

2. 隐藏轴刻度和刻度标签

in[17]:

ggpar(p, ticks = f, tickslab = f)

out[17]:

3. 设置轴的范围

in[18]:

ggpar(p, ylim = c(-20, 60))

out[18]:

in[19]:

ggpar(p, ylim = c(-20, 60),yticks.by = 10 )

out[19]:

4. 轴刻度log2转换

in[20]:

ggpar(p, yscale = "log2", format.scale = true)

out[20]:

1. 更改图例的位置和标题

in[21]:

ggpar(p2,
 legend = "right", legend.title = "dose (mg)",
 font.legend = c(10, "bold", "red"))

out[21]:

往期相关链接：

1、r基础篇

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2、r进阶

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3.python基础篇

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4、数据提交

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5、表达谱分析

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6、医学数据分析

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作者：大熊

审核：有才

来源：天昊生信团