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发稿时间：2020-09-24来源：天昊生物

题目：transcriptome landscaping for gene mining and ssr marker development in coriander (coriandrum sativum l.)

通过转录组测序对芫荽进行基因挖掘和ssr标记开发

发表期刊：genomics.  

发表时间：2020-5  

影响因子：6.205

芫荽(俗称香菜，芫荽属)，是一种芳香类草本植物，广泛用作香料，具有很大的药用价值。尽管具有很高的药用和经济价值，但缺乏关于它的基因组相关信息以及基于表达序列的基因标记。在这项研究中，作者对芫荽的种子、叶子和花的转录组进行测序，并且进行了基因挖掘和ssr标记的开发及鉴定。结果共鉴定出包含相应位点的9746个ssr，鉴定出最丰富的ssr类型是二核苷酸重复基序(45.5%)，其次是三核苷酸重复基序(34.6%)、四核苷酸重复基序(4.5%)、五核苷酸重复基序(1.5%)和六核苷酸重复基序(1%)。利用生物信息学方法共设计了3795对引物，其中随机选择了120个引物在印度栽培的14份芫荽材料中进行实验验证。本研究提供了芫荽的初步转录组数据和ssr分子标记，可用于该物种将来的分子育种和遗传多样性评估。

将芫荽品种“gujarat coriander -2” (gc-2)种子播种后30、50和70天收集叶、花和种子样品。收集的样品通过浸入液氮立即冷冻，并在80℃保存待用。随后提取rna，反转后用poly (a)富集法建库，进行转录组测序。测序数据在进行质控和组装之后，对unigene进行功能和分类分析，之后利用microsatellite (misa)工具进行ssr标记的识别鉴定，并用primer 3.0进行引物设计。最后挑选部分est-ssr进行验证、多态性评估、聚类分析以及rt-qpcr验证。

这是首次报道芫荽的转录组相关研究。在这项工作中，通过转录组测序鉴定的基因和开发的est-ssr是对芫荽主要基因组资源的重要补充，并将使芫荽基因组的注释成为可能。这也将有助于鉴定负责芫荽重要经济性状的新基因，此外，本研究还成功设计了3795个位点的引物对，为进一步研究提供了资源库。利用部分有效引物对14份芫荽材料进行了遗传多样性分析。本研究鉴定的ssr标记将为芫荽遗传多样性分析、连锁图谱构建和基因定位提供宝贵资源。

天昊生物具有丰富的无参转录组测序分析和ssr检测经验，我们致力于为研究者提供“一站式”高质量的科研策略咨询、实验技术服务和遗传数据分析服务，期待成为大家科研工作中的“昊”助手与“昊”伙伴。欢迎联系太阳成tyc7111cc具体咨询！

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转录组学：

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